Diagrams.netも同様
これすると...
こうなる場合(404の場合もあり)の回避策です。
根本解決ではありません。
1. include a copy of my diagramをなくす
ファイル構造の中に（PDFならPDFの中に）draw.io形式の(XML)データを入れる方式です。 正直全く不要なので、チェックを外します。 エクスポートが高速化し、エラーが出にくくなります。
2. ページ数を減らす
一度にエクスポートするページ数を減らす。
3. ローカルでやる
こちらからローカル版のdraw.ioをインストールできます。
https://github.com/jgraph/drawio-desktop/releases/
これであれば同じエラーは出ません。
4. コマンドで呼び出す。
ローカルインストール必須ですが、自分がやりたかった、PDFの1ページずつ個別出力などができます。
